佛教佛教于16世纪中叶左右传入日本，从朝鲜半岛的百济王国（公元前18年至公元660年）传入日本。几十年内，在克服了该国保守势力的暴力反对之后，该宗教在日本越来越多地被接受。也是在这个时候，日本经历了来自韩国的移民，以及来自中国的文化影响，它影响了日本的佛教，因为它在这两个国家都是重要的宗教。正是由于这些原因，日本大和国（约公元250-710年）开始在奈良首都建造佛教寺庙，这导致了今天在日本被称为奈良佛教。794年，首都迁至贺兰市，即现在的京都，佛教真言??宗、天台宗等更多分支传入日本。
无神论
日本几乎总是被列为世界上最不信教的国家之一。然而，这在包括日本在内的东亚文化中很难量化，因为他们倾向于以不同的方式定义宗教，历史上各种宗教信仰更加融合，而且有些人认为他们的信仰更多习惯和文化比宗教。在日本，由于许多人将多种宗教的习俗融入他们的生活，并且不属于任何宗教组织，他们都信奉宗教，因此也更难分类。
结构化神道教
结构化神道教对日本来说相对较新，因为在其历史的大部分时间里，神道教都是一种无组织的民间宗教。神道教派有十三个不同的教派，分为纯神道教派、儒教教派、山拜教派、净化教派和信仰治疗教派。目前，结构化神道教在日本整体神道教中只占一小部分。
基督教
基督教于1549年首次传入日本，也就是葡萄牙商人在日本活跃六年后，那一年，三位耶稣会天主教传教士弗朗西斯·泽维尔、科斯梅·德·托雷斯和胡安·费尔南德斯抵达鹿儿岛市。这些使命成功地改变了许多人，在接下来的几十年里，基督徒的数量迅速增长，教堂正在建造，当地领主接受了这种宗教，迫使其他人接受它。到16世纪末，丰臣秀吉(1536/37-1598)禁止了该宗教，并于1597年处决了26名方济各会教徒，以警告他们认真对待他关于禁止该宗教的新法令。秀吉死后不久，他的德川家康（1543-1616）将在日本夺取政权并成为幕府将军，他和他的继任者保持对基督教的禁令。
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